学院现设运动系、社会体育系、体育管理系、体育保健系和思想政治理论教学部、公共基础课教育部、成人教学部等7个教学机构。
2019-2020学年学校共开设8个专业，覆盖教育与体育和医药卫生等2个专业大类，其中康复治疗技术专业属于医药卫生大类，其它7个专业都属于教育与体育大类，其中健身指导与管理专业为2019年新招生专业。
注：来源于福建体育职业技术学院高等职业教育质量年度报告(2020)
中央财政支持高等职业院校建设专业（名单不全）：康复治疗技术
省级精品专业：运动训练
中央宣传部、教育部近日联合发布2021年“最美大学生”先进事迹。刘宸、刘耀东、杨倩、宋哲、张建、阿卜拉江、周杰、周锦宇、黄君婷、梁荣浩等10名在校大学生被评为2021年“最美大学生”。
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