教育部每4年公布一轮学科评估结果，最近一轮为第四轮，以下是南通大学学科评估结果，其中比较好的学科是基础医学，被评为B-。
1、南通大学学科评估结果排名
学科评估按照“自愿申请、免费参评”原则，采用“客观评价与主观评价相结合”的方式进行，由于第五轮评估结果还未公布，这也是目前最新的排名。
评估结果按“分档”方式呈现，具体方法是按“学科整体水平得分”的位次百分位，将前70%的学科分9档公布：前2%（或前2名）为A+，2%～5%为A（不含2%，下同），5%～10%为A-，10%～20%为B+，20%～30%为B，30%～40%为B-，40%～50%为C+，50%～60%为C，60%～70%为C-。
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 10304 | 南通大学 | 基础医学 | B- |
| 2 | 10304 | 南通大学 | 信息与通信工程 | C+ |
| 3 | 10304 | 南通大学 | 马克思主义理论 | C |
| 4 | 10304 | 南通大学 | 机械工程 | C |
| 5 | 10304 | 南通大学 | 临床医学 | C |
| 6 | 10304 | 南通大学 | 中国语言文学 | C- |
| 7 | 10304 | 南通大学 | 控制科学与工程 | C- |
南通大学（Nantong University），简称“通大”，位于江苏省南通市，学校是江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学，江苏省十五所重点建设大学成员，国家“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校，教育部本科教学工作水平评估优秀学校，首批江苏高水平大学建设培育支持高校，全国首批学士和硕士学位授予单位，博士学位授予单位，全国普通高等学校毕业生就业工作先进集体，全国高等学校创业教育研究与实践先进单位，江苏省首批创新创业示范高校，江苏省首批教学工作先进高校，全国精神文明建设先进单位，全国精神文明建设典型“莫文隋”精神的发源地。
学校始建于1912年，源自近代著名实业家、教育家、政治家张謇先生创办的私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校。2004年5月经教育部批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所省属公办本科院校合并组建新的南通大学。
