教育部每4年公布一轮学科评估结果，最近一轮为第四轮，以下是南京中医药大学学科评估结果，其中比较好的学科是中医学、中西医结合、中药学，被评为A-。
1、南京中医药大学学科评估结果排名
学科评估按照“自愿申请、免费参评”原则，采用“客观评价与主观评价相结合”的方式进行，由于第五轮评估结果还未公布，这也是目前最新的排名。
评估结果按“分档”方式呈现，具体方法是按“学科整体水平得分”的位次百分位，将前70%的学科分9档公布：前2%（或前2名）为A+，2%～5%为A（不含2%，下同），5%～10%为A-，10%～20%为B+，20%～30%为B，30%～40%为B-，40%～50%为C+，50%～60%为C，60%～70%为C-。
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科代码 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 10315 | 南京中医药大学 | 1005 | 中医学 | A- |
| 2 | 10315 | 南京中医药大学 | 1006 | 中西医结合 | A- |
| 3 | 10315 | 南京中医药大学 | 1008 | 中药学 | A- |
| 4 | 10315 | 南京中医药大学 | 1011 | 护理学 | B+ |
| 5 | 10315 | 南京中医药大学 | 1007 | 药学 | B- |
| 6 | 10315 | 南京中医药大学 | 1204 | 公共管理 | C- |
以下是教育部公布的南京中医药大学双一流学科名单，也是南京中医药大学非常不错的一些学科。
南京中医药大学：中药学
南京中医药大学创建于1954年，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校,学校于2017年入围国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校，2018年成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校。
建校之初，学校即为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资，编撰、制订了第一套教材和教学大纲，为新中国高等中医药教育模式的确立和推广作出了开创性贡献，被誉为中国“高等中医教育的摇篮”。
