| 序号 | 专业名称 | 推荐指数 |
| 1 | 临床医学 | 4.6(213人) |
| 2 | 土木工程 | 4.4(124人) |
| 3 | 电气工程及其自动化 | 4.6(114人) |
| 4 | 机械工程及自动化 | 4.5(112人) |
| 5 | 汉语言文学 | 4.6(98人) |
| 6 | 医学影像学 | 4.7(64人) |
| 7 | 自动化 | 4.9(42人) |
| 8 | 预防医学 | 4.6(42人) |
| 9 | 学前教育 | 4.7(39人) |
| 10 | 国际经济与贸易 | 4.2(37人) |
二、南通大学学科评估结果
学科评估按照“自愿申请、免费参评”原则，采用“客观评价与主观评价相结合”的方式进行，由于第五轮评估结果还未公布，这也是目前最新的排名。
评估结果按“分档”方式呈现，具体方法是按“学科整体水平得分”的位次百分位，将前70%的学科分9档公布：前2%（或前2名）为A+，2%～5%为A（不含2%，下同），5%～10%为A-，10%～20%为B+，20%～30%为B，30%～40%为B-，40%～50%为C+，50%～60%为C，60%～70%为C-。
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 10304 | 南通大学 | 基础医学 | B- |
| 2 | 10304 | 南通大学 | 信息与通信工程 | C+ |
| 3 | 10304 | 南通大学 | 马克思主义理论 | C |
| 4 | 10304 | 南通大学 | 机械工程 | C |
| 5 | 10304 | 南通大学 | 临床医学 | C |
| 6 | 10304 | 南通大学 | 中国语言文学 | C- |
| 7 | 10304 | 南通大学 | 控制科学与工程 | C- |
