1）、玄奘寺1943年的时候建的，1942年初冬，日本侵略者在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖到一石函，函内供奉有玄奘大师的顶骨舍利，并记载了唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。日军妄想占为己有，在南京人民的抗议下，日军将玄奘大师部分顶骨舍利归还给南京人民。1943年初，汪伪政府在九华山上建了一座砖塔，供奉玄奘大师的顶骨舍利，得名三藏塔。
2）、玄奘寺2001年的时候重建的，2001年南京市玄武区政府及区建设局在小九华山重修寺庙，即为玄奘寺，由栖霞古寺监院传真法师住持管理。2003年玄奘寺建成开放。玄奘寺依山而建，寺院虽说规模不大，却很雅致，加上是在九华山公园里，颇有苏州园林移步换景的特点。玄奘寺位于南京九华山，北临玄武湖，东接太平门，西邻台城，与台城旁鸡鸣寺遥对。
3）、玄奘寺供奉日本战犯牌位的原因极有可能是日本人的阴谋。根据上面的记载4位长生牌位供奉的时间是2018年至2022年，供奉长生牌位一般都是一年交一次钱，这4个牌位一次性交了4年的钱，玄奘寺供奉4位日甲级战犯牌位时间长达4年之久甚至更长。22日凌晨，南京玄武区民族宗教事务局回应表示，今年2月份，寺方发现相关情况后，已予以纠正。现决定对该寺开展整顿，将对伤害民族感情的行为一查到底，有关调查处理情况将及时公布。
