中国科学技术大学有少年班学院、数学科学学院、物理学院、化学与材料科学学院、工程科学学院、信息科学技术学院、计算机科学与技术学院、大数据学院、网络空间安全学院、微电子学院等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
1、少年班学院
2、数学科学学院
数学系
计算与应用数学系
概率统计系
3、物理学院
物理系
近代物理系
光学与光学工程系
天文学系
工程与应用物理系
4、化学与材料科学学院
化学物理系
应用化学系
材料科学与工程系
化学系
高分子科学与工程系
5、工程科学学院
近代力学系
精密机械与精密仪器系
热科学和能源工程系
安全科学与工程系
6、信息与智能学部
信息科学技术学院
电子工程与信息科学系
自动化系
计算机科学与技术学院
大数据学院
网络空间安全学院
微电子学院
软件学院
7、地球和空间科学学院
地球物理与空间科学技术系
地球化学与行星科学系
8、生命科学与医学部
生命科学学院
分子生物学与细胞生物学系
神经生物学与生物物理学系
系统生物学系
医药生物技术系
基础医学院
临床医学院
生物医学工程学院
9、管理学院
工商管理系
管理科学系
统计与金融系
10、公共事务学院
11、人文与社会科学学院
科技史与科技考古系
科技传播系
科技哲学系
心理学系（筹）
12、马克思主义学院
13、环境科学与工程系（直属）
14、核科学技术学院
加速器科学与工程物理系
等离子体物理与聚变工程系
核科学与工程系
