新疆第二医学院有基础医学院、临床医学院、药学院、公共卫生学院、中医学院、口腔医学院、护理学院、生物医学工程学院、马克思主义学院、全科医学院等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
1、学院设置
基础医学院
临床医学院
药学院
公共卫生学院
中医学院
口腔医学院
护理学院
生物医学工程学院
马克思主义学院
全科医学院
健康管理学院
继续教育学院
语言文化部
体育教学部
2、新疆第二医学院简介
新疆第二医学院（XinJiang Second Medical college）是一所以医学类为主，理学、管理学等多学科协调发展，公办本科层次医学类普通高等学校。学院坐落于我国重要的石油石化工业基地——新疆克拉玛依市，定位于应用型高等学校，主要培养区域经济社会发展所需要的高素质应用型、技术技能型人才。
原新疆医科大学厚博学院于2003年5月6日在乌鲁木齐获准成立，2004年2月5日由国家教育部教发函〔2004〕13号文件确认，是由新疆医科大学举办的、充分依托大学优质教育资源和办学优势建设发展的独立学院。2012年12月6日，克拉玛依市委市政府与新疆医科大学共同签订了合作建设新疆医科大学厚博学院协议书。2015年9月新校区落成，学院正式搬迁至克拉玛依市。2021年经教育部同意，新疆医科大学厚博学院转设为新疆第二医学院，学校标识码为4165013560，同时撤销新疆医科大学厚博学院的建制。
