菏泽学院有马克思主义学院、政法学院、教师教育学院、体育与健康学院、人文与新闻传播学院、外国语学院、数学与统计学院、物理与电子工程学院、化学化工学院、农业与生物工程学院（牡丹学院）等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
1、学院设置
马克思主义学院
政法学院
教师教育学院
体育与健康学院
人文与新闻传播学院
外国语学院
数学与统计学院
物理与电子工程学院
化学化工学院
农业与生物工程学院（牡丹学院）
机电工程学院
计算机学院
城市建设学院
药学院
商学院
音乐与舞蹈学院
美术与设计学院
创新创业学院
继续教育学院
远程教育学院
东校区教学部
2、菏泽学院简介
菏泽学院（Heze University）位于山东省菏泽市，是一所全日制普通本科高校，是数据中国“百校工程”项目建设院校。
菏泽学院的前身是创建于1949年的冀鲁豫区第二师范学校，历史上曾更名为平原省立菏泽师范学校、山东省菏泽第一师范学校、菏泽师范专科学校。2002年，菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学3所学校合并，同时并入菏泽师范学校、菏泽农业学校，筹建菏泽学院。2004年，教育部正式批准更名为菏泽学院。2011年，单县幼儿师范学校、郓城幼儿师范学校并入菏泽学院。2017年，学校成为省级硕士培育建设单位。
