菏泽职业学院有旅游管理系、信息工程系、经济管理系、商贸物流系、机电工程系、建筑与化工学院、交通工程系、基础教学部、马克思主义教学部、学前教育系（育中教育学院）等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
1、院系设置
旅游管理系
信息工程系
经济管理系
商贸物流系
机电工程系
建筑与化工学院
交通工程系
基础教学部
马克思主义教学部
学前教育系（育中教育学院）
创新创业学院
国际交流学院
继续教育学院
2、菏泽职业学院简介
菏泽职业学院（Heze Vocational College）坐落于山东省菏泽市，是经山东省人民政府批准、国家教育部备案的国办全日制普通高等学校，先后被命名为全国智能制造领域中外人文交流人才培养基地、全国退役士兵职业技能培训基地、中国牡丹产业人才培训基地、山东省外包服务培训基地、山东省跨境电商培训基地、山东省旅游产学研合作基地、山东省华文教育基地、山东省中华文化传承基地、山东省百佳学生资助工作单位。
学校始建于1963年，时名菏泽供销学校；2012年12月12日，省政府批准菏泽职业学院在整合山东菏泽信息工程学校、菏泽工业学校、菏泽财经学校三校资源上正式建院。
