重庆医药高等专科学校有药学院（中药学院）、护理学院、医学技术学院、临床医学院（公共卫生学院）、中医学院、基础部、马克思主义学院、继续教育学院、康复学院等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
一、学院设置
药学院（中药学院）
护理学院
医学技术学院
临床医学院（公共卫生学院）
中医学院
基础部
马克思主义学院
继续教育学院
康复学院
二、重庆医药高等专科学校简介
重庆医药高等专科学校（Chongqing Medical and Pharmaceutical College）是一所经中华人民共和国教育部批准设立的全日制普通高等专科学校，2012年入选“卓越医生教育培养计划”，2014年被确认为重庆市示范性高等职业院校； 2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。2019年起，学校与重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业。
重庆医药高等专科学校的前身是创建于1948年的中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校；1950年，更名为西南区川东医士学校；1953年，改名为重庆市卫生学校，后更名为四川省重庆医士学校；1956年，学校一分为二，成立四川省重庆医士学校；1958年，升格为重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校；1998年，更名为重庆市卫生学校；2006年，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校合并升格成立重庆医药高等专科学校。
