学院始建于1952年。现有兽医学一级学科自治区一流建设学科1个，基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学二级学科省部级重点学科3个。有兽医学博士后科研流动站1个，一级学科博士学位授权点1个，二级学科博士学位授权点3个，兽医硕士专业学位授权点1个。有农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室、内蒙古自治区基础兽医学重点实验室、动物胚胎与发育工程自治区高等学校重点实验室等国家级、省部级实验平台3个，马违禁药物检测实验室1个。2020年邀请中国工程院张涌院士成立了内蒙古农业大学家畜种质资源与胚胎工程技术院士专家工作站。
现有动物医学、动植物检疫和动物药学3个本科专业。其中动物医学专业是国家级特色专业和国家级综合改革试点专业，2014年入选国家首批“卓越农林人才教育培养计划”改革试点项目（拔尖创新型），2019年入选国家一流本科专业建设点。有国家级实验教学示范中心1个，国家级虚拟仿真实验教学项目1个，国家级一流本科课程1门，国家级精品课程1门，自治区级精品课程5门，自治区高等学校在线开放课程建设立项2门。有瑞派动物医院和马医院等校内外实践教学基地30余个。
现有教职工80人，其中教授20人，副教授22人，博士生导师17人，硕士生导师38人。
动物医学（学制5年）
培养目标：本专业设有普通动物医学，马兽医和宠物医学三个方向，毕业生将具备动物医学方面的基本理论和动物保健、临床诊疗、动物防疫检疫和兽医卫生管理工作的基本能力。
主要课程：除兽医专业基础课外，重点学习兽医内科学、兽医外科学、家畜传染病学、兽医寄生虫学、兽医产科学、动物性食品卫生学、中兽医学、兽医临床实习、马的临床治疗学实践、小动物麻醉与手术学、小动物影像学等。
就业方向：毕业生能在兽医业务部门、动物生产等单位工作。马兽医方向毕业生可到马兽医业务部门、马术学校、马场等单位工作；宠物医学方向毕业生可到兽医行政部门、海关、科研院所、宠物医院等单位工作。
授予学位：农学学士
动植物检疫（学制4年）
培养目标：本专业毕业生具备动植物检验检疫方面的理论知识和基本技能，能在检验检疫部门、动植物产品卫生安全与监督机构、农畜产品生产销售企业从事动植物病虫检验检疫及防治、农畜产品及食品卫生安全监测、动植物保护等方面的技术、管理、教学与推广工作。
主要课程：除兽医专业基础课外，重点学习动物普通病学、兽医传染病学、兽医寄生虫学、动物检疫法规、兽医公共卫生学、动物检疫学、动物性食品微生物学检验、动物性食品理化学检验等。
就业方向：在检验检疫部门、教学科研单位、动植物产品卫生安全与监督机构、农畜产品生产销售企业等单位工作。
授予学位：农学学士
动物药学（学制4年）
培养目标：本专业毕业生将具有从事动物药物和生物制品及相关学科的基本理论和技能，具备该领域研究、开发、教学和管理的能力，能够在动物药物生产开发、药物分析检测、药品营销及药政管理等方面从事相关工作。
主要课程：除兽医专业基础课外，重点学习兽医药理学、兽医药物毒理学、兽医药剂学、兽医生物制品学、制药工艺学、制药工艺学实训、动物疾病诊疗、中兽医基础理论、中药学、方剂学、药事管理与法规、兽医药厂实习等。
就业方向：毕业生可以到药品生产、检验、销售、研究开发等制药企业、保健公司、药检局、现代养殖场、科研院所、行政管理部门等单位工作。
授予学位：农学学士
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兽医学院毕业生就业知名单位
1.内蒙古伊利实业集团股份有限公司
2.天津市瑞普生物技术股份有限公司
3.广西扬翔股份有限公司
4.新希望六和股份有限公司
5.内蒙古正大有限公司
6.现代牧业（集团）有限公司
7.牧原食品股份有限公司
8.禾丰食品股份有限公司
9.江西正邦科技股份有限公司
10.新瑞鹏宠物医疗集团
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